L’Organo di Indirizzo ha funzioni decisionali: definisce le linee programmatiche di intervento e di operatività fissando priorità ed obiettivi della Fondazione, formula gli indirizzi generali della sua organizzazione e provvede alla periodica verifica dei risultati. Ha competenze, tra l’altro, in ordine alla nomina degli amministratori e dei revisori ed alla verifica dei risultati. E’ composto da 18 membri che devono rispondere a precisi requisiti di onorabilità e che sono scelti tra persone in possesso di adeguate conoscenze specialistiche nei settori di intervento o funzionali all’attività dell’ente, designati per metà dall’Assemblea dei soci e per l’altra metà da enti pubblici territoriali ed altre realtà locali sulla base di terne proposte. Per assicurare l’unitarietà operativa della Fondazione e l’univoca rappresentanza della stessa all’esterno, il Presidente della Fondazione è anche Presidente dell’Organo di Indirizzo e, come tale, ne regola lo svolgimento delle riunioni, senza diritto di voto. I componenti l’Organo di Indirizzo durano in carica cinque anni dalla data di nomina e possono essere confermati per un solo mandato consecutivo. Essi agiscono in piena autonomia e indipendenza, non rappresentando coloro che li hanno designati.